「台湾好行」で日月潭と阿里山へ行ってきました！

正確なところは台北ナビさんに直接メールか電話して聞くしかないと思います。
この掲示板での質問には一切回答されませんから。

なおあくまで推測ですが、台北ナビ予約ページに
http://www.taipeinavi.com/tour/250/?adultcnt=2&childcnt=0&crs_anc_no=&crs_possible_dt=&date_schyn=Y&category_id=09&date_str=2014-10-18&tour_adults=2&tour_children=0&date_str_crs_250_004=%E9%81%B8%E6%8A%9E%E3%81%99%E3%82%8B&lst_crs_adult_crs_250_004=1&lst_crs_child_crs_250_004=0
『★基本的にバス席の予約は自分で（←必須、重要です！）。』と記載されていますから、この周遊パスは、「ホテル予約｣は催行旅行会社が手配してくれますが、路線バスなどの交通機関については｢料金支払い済みのチケットまたはその引換券｣が渡されるだけで、購入後のフォローは原則として無し・・・ということでしょう。
台湾での路線バス旅行に慣れておられるなら座席の事前確保などは何とかなるでしょうが、もし自信がなければ同じようなコースのツアーも台北ナビで予約できますから、そちらも含めて検討されてはいかがかと思います。
http://www.taipeinavi.com/tour/266/?adultcnt=2&childcnt=0&crs_anc_no=&crs_possible_dt=&date_schyn=Y&category_id=09&date_str=2014-10-11&tour_adults=2&tour_children=0
 

>>DT668さん
ありがとうございます。

このツアーには日月潭と阿里山間のバス券がついているのですが、員林客運のこのコースは休止中という情報が有り、それが関係してくるのかが心配なのです。
まだ時間が有るので検討します。 

>>ppb5332さん
最新情報は員林客運のホームページをご覧ください。
なお「予約票をダウンロード→入力→メールに添付して送る」で
座席確保ができるようですね。
 

>>DT668さん
ご丁寧にありがとうございました。