九份半日ツアー(午前出発)

この条件ですと、どちらがベターとも言い難いですね。
強いて問われれば個人的には列車利用かな。

直行バス：天成大飯店15:00→MRTで移動→バスに乗換
列車：天成大飯店15:00→列車乗車→バスに乗換
移動に要する手間は乗換１回でどちらもいっしょ。

台湾鐵路管理局(略称：台鐵)　台北駅発の列車　発車時刻表
　14:30発　太魯閣號(自強號)1063次　瑞芳15:01着
　　　　　※瑞芳駅に停車する太魯閣號はこの１本／日のみ
　　　　　※立ち席券(無座票)での乗車不可
　15:12発　普通電車　瑞芳16:01着
　15:42発　自強號1016次　瑞芳16:23着
　15:54発　呂光號49次　瑞芳16:39着

基隆客運　MRT忠孝復興駅前発のバス　発車時刻表
※台北→九イ分　料金90元
平　日
　14：50
　15：10◎
　15：30
　15：50◎
　　※◎印は瑞芳止まり→瑞芳にて金瓜石行きに乗換
土日祝日
　14：55
　15：10
　15：25
　15：40
　15：55

ホテル→MRTに台北駅から乗車→MRT忠孝復興駅で降車→バス停
まで(地理不案内ですと)余裕をみて所要30分というところ。
平日15:30・土日祝日15:40発のバスに乗車した場合、渋滞状況
しだいですが17:00までには九ｲ分に到着するでしょう。

ホテルから台北駅までは至近。
15:12発の普通電車に乗車できれば瑞芳に16:01着。
(日本でいう通勤電車ですから予約の必要はなし)
駅前バス停からバスに乗り換えて九ｲ分到着は16:30頃。

なお台鐵のネット予約ですが、カード決済ができない
場合は少なくとも前日夜までに窓口で予約書を提示して
購入する必要がありますので、台湾到着日に乗車する
このケースでは予約は難しいと思います。